Falling Skies débute dans un environnement chaotique faisant suite à une attaque d'aliens qui a laissé une grande partie de la terre sans défense ni ressources. Six mois après la première invasion, les rares survivants se sont regroupés en dehors des grandes villes pour tenter de se défendre. Chaque jour est un combat pour la survie tandis que les soldats citoyens font leur possible pour protéger les gens tout en organisant une rébellion contre les aliens occupants.