L'agent 47 est un tueur professionnel aux aptitudes exceptionnelles. Génétiquement modifié à la naissance, il est le fruit d'expérimentations sur 46 clones, dans le but de créer la parfaite machine à tuer. Alors qu'il rencontre une jeune femme disposant des mêmes capacités que lui, il est contraint de renouer avec son passé obscur, tout en affrontant un ennemi prêt à tout pour récupérer son ADN.