Après être venus à bout du Terminator, Sarah Connor et son fils John se retrouvent seuls dans un monde hostile et complexe. Ils fuient la loi et doivent combattre des ennemis en provenance du présent comme du futur. John, encore adolescent, est le futur sauveur de l'humanité, il poursuit avec sa mère leur quête de détruire l'entreprise Skynet, à l'origine de la future apocalypse...